Berbekal pengalaman memimpin dan mengelola Panti Asuhan Putra Muhammadiyah Surakarta dan Panti Asuhan Putri Aisyiyah Yogyakarta, pada tahun 1971 Bapak R.M. Suryowinoto mendirikan sebuah yayasan sosial yang tidak berada dalam naungan ORMAS apapun yang kemudian diberi nama Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta. Berkat kegigihan dan keikhlasan beliau, hal tersebut membuka kepedulian para sahabatnya untuk ikut membantu dan mengumpulkan dana demi keberlangsungan yayasan yang mempunyai maksud dan tujuan mengamalkan ajaran Al Qur’an dalam surat Al Ma’un yaitu menyantuni anak yatim dan memberi makan orang miskin.

Sebelumnya, Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta menyewa rumah yang  beralamat di Kadipaten Kidul KP I/340 Kecamatan Kraton Yogyakarta kemudian tahun 1977 mendapat wakaf dari Almarhum ibu Hj.Tjokrosoeharto di Kawasan Giwangan Kecamatan Umbulharjo, tepatnya di Jalan Pramuka No 68 Giwangan Umbulharjo Yogyakarta 55163 yang saat ini digunakan Lembaga sebagai tempat operasional Lembaga. Setelah mendapatkan tanah wakaf kemudian mendapat bantuan dana dari pemerintah Arab Saudi untuk didirikan sebuah gedung asrama yatim putri.

Pada pertengahan Ramadhan tahun 1978 Bapak RM Suryowinoto wafat, kemudian estafet kepemimpinan dan pengelolaan Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta dilanjutkan putra menantu beliau yaitu Bapak R.M. Soewardi Brotowinoto. Selama 25 tahun, Bapak R.M. Soewardi Brotowinoto mengelola Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta dengan dana mandiri yaitu dari hasil jual beli mobil bekas dan rental mobil yang mampu mengangkat keuangan dan nama besar Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta. Pada pertengahan bulan Mei 2003 Bapak Soewardi wafat, yang kemudian pengelolaan Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta diamanahkan ke Ibu Rr. Endang Sri Listyowati, S.E., M.M.,  putri kedua beliau.

Selang 3 tahun Ibu Rr. Endang Sri Listyowati, S.E., M.M., memimpin dan mengelola Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta, beliau ikut membantu pembangunan Panti Asuhan Putra Islam An Nur di Kabupaten Bantul tepat pasca gempa bumi Yogyakarta pada bulan mei 2006. Kemudian pada tahun 2009, Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta kembali merintis, membangun dan mengembangkan Panti Asuhan Islam Playen di Kabupaten Gunungkidul DIY. Setelah dirasa kuat, panti asuhan tersebut dilepas untuk bisa lebih mandiri. Ibu Rr. Endang Sri Listyowati, S.E., M.M., memimpin Yayasan Panti Asuhan Yatim Putri Islam Yogyakarta hingga saat ini.